La Administración puede revisar los saldos pendientes de compensación cuando se aplican en periodos posteriores no prescritos y resultan necesarios para calcular correctamente el IVA.
La prescripción del derecho de la Administración tributaria a liquidar un determinado periodo impositivo constituye una garantía esencial de seguridad jurídica para el obligado tributario. No obstante, dicha prescripción no debe confundirse con la imposibilidad absoluta de que la Administración examine hechos, operaciones o créditos originados en dicho periodo cuando estos continúa desplegando efectos en ejercicios posteriores no prescritos. Así lo ha estableció el Tribunal Supremo en su sentencia de 23 de julio de 2026 (EDJ 661591), que delimita el alcance de las facultades de comprobación de la Administración en relación con los saldos del IVA pendientes de compensación.
El mecanismo de compensación en el Impuesto sobre el Valor Añadido.
En el ámbito del IVA, cuando en un periodo de liquidación las cuotas soportadas y deducibles superan a las devengadas, el obligado tributario genera un saldo a su favor susceptible de compensación en periodos posteriores. Es habitual que dicho saldo se traslade y se aplique de forma sucesiva durante varios ejercicios hasta su agotamiento, de manera que su origen puede resultar anterior al periodo en el que finalmente se compensa.
Prescripción del periodo de origen y facultades de comprobación sobre periodos no prescritos.
La prescripción impide a la Administración tributaria liquidar de nuevo una obligación correspondiente a un periodo respecto del cual ya ha decaído su derecho a determinar la deuda tributaria. Sin embargo, ello no impide que pueda comprobar determinados elementos fácticos o contables procedentes de periodos prescritos cuando estos inciden directamente sobre una obligación tributaria correspondiente a un ejercicio todavía no prescrito. En consecuencia, un saldo de IVA generado en un periodo prescrito puede ser objeto de comprobación en la medida en que continue siendo objeto de aplicación en un periodo posteriormente abierto, dado que su procedencia y cuantía condicionan de manera directa la correcta liquidación de este último.
La calificación del saldo de IVA como crédito fiscal.
El Tribunal Supremo atribuye a estos saldos la naturaleza de crédito fiscal, en tanto que habilitan al contribuyente a reducir las cuotas de IVA a ingresar en ejercicios futuros. Esta calificación resulta determinante a los efectos analizados, puesto que el crédito conserva su eficacia y virtualidad jurídica mientras no se haya extinguido por compensación total, con independencia de la antigüedad del período en el que se originó.
Consecuencias para los obligados tributarios.
La doctrina fijada por el Tribunal Supremo posee una incidencia directa en la política de conservación documental de las empresas. En la medida en que un saldo de IVA permanezca pendiente de compensación, la obligación de conservar la documentación acreditativa de su origen y cuantía no queda limitada por el transcurso del plazo general de prescripción. Facturas, libros registro, autoliquidaciones y el histórico de compensaciones deben permitir acreditar, en cualquier momento posterior, la procedencia del saldo, su importe y su evolución a lo largo de los distintos períodos. En caso de que la Administración inicie una comprobación sobre un ejercicio no prescrito en el que se haya aplicado un saldo de origen remoto, corresponderá al obligado tributario justificar dicho saldo, sin que la antigüedad de su generación constituya, por sí sola, obstáculo alguno para su comprobación.
Conclusión.
El Tribunal Supremo confirma que la Administración tributaria no puede liquidar de nuevo un período de IVA ya prescrito, si bien conserva la facultad de comprobar los saldos pendientes de compensación procedentes de dicho período cuando estos continúan produciendo efectos en ejercicios posteriores no prescritos y su verificación resulta necesaria para la correcta liquidación del impuesto. Se trata de un pronunciamiento relevante que refuerza la exigencia de una gestión documental rigurosa y sostenida en el tiempo, con independencia del plazo general de prescripción.
Un asesoramiento adecuado en este ámbito resulta crucial para garantizar la correcta acreditación de estos saldos y prevenir posibles conflictos con la Administración tributaria en el futuro.
Si necesita ayuda o asesoramiento en relación con la comprobación de saldos de IVA de periodos prescritos y sus implicaciones para la conservación de la documentación tributaria, en Gentile Law tenemos un equipo de expertos en la materia dispuestos a asesorarle.
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